冷干機是依據冷凍除濕的原理，將來自上游的飽和壓縮空氣通過與冷媒的熱交換，冷卻到一定的露點溫度，同時凝析出大量的液態水，再經氣液分離器分離后自動排出機外，達到除水干燥的效果；吸干機則是根據變壓吸附的原理，使來自上游的飽和壓縮空氣在一定的壓力下與干燥劑接觸，將絕大部分的水分吸附在干燥劑里，干燥后的空氣進入下游工作，達到深度干燥。

冷干機受自身原理制約，溫度過低機器會產生冰堵，因而機器的露點溫度通常保持在2~10℃；吸干機則無需通過溫度變化產生熱交換，機器內部填充的干燥劑可以進行深度干燥，出口的露點溫度可以達到-20℃以下。

冷干機通過冷媒壓縮來達到冷卻目的，所以需要適配較高的電源功率；吸干機僅需要通過電控箱對閥門進行控制，電源功率較冷干機更低，電量損耗也更少。

冷干機通過變溫來除水，運行過程中所產生的水分通過自動排水器排出，所以沒有氣量損耗；吸干機的運行過程中，機器放置的干燥劑在吸水飽和后需要再生，因此需要有12-15%左右的再生氣損耗。

冷干機有冷媒、空氣、電氣三大系統，組成的系統元件相對復雜，出故障的幾率更大；吸干機只有在閥門頻繁動作的情況下才有可能出現故障。因此在通常情況下，冷干機的故障率要高于吸干機。