沼氣的脫硫是一項十分重要的工作，也是沼氣利用過程中的環節。目前，沼氣脫硫的方法有很多種，但是方法是利用生物脫硫技術。

利用生物脫硫技術可以在不使用化學試劑或其他有害物質的情況下，有效地將沼氣中的硫化氫去除。該技術利用了一些特殊菌類，這些菌類可以將硫化氫轉化為硫酸鹽或者單質硫，使得沼氣成分得到了凈化。同時，該技術能耗低、成本較低，對環境和人體健康也沒有任何污染。
脫硫原理

1.干法脫硫

干法去除沼氣中硫化氫（H2S）以設備為基本原理O2使H2S氧化成硫或硫氧化物的一種方法，也稱為干氧化法。干燥設備的組成是將填料放入容器中，包括活性炭、氧化鐵等。氣體以低流速通過容器的填料層，硫化氫（H2S）氧化成硫或硫氧化物后，留在填料層中，凈化后氣體從容器另一端排出；

2.濕法脫硫

濕法脫硫可分為物理吸收法、化學吸收法和氧化法。硫化氫在物理和化學方法中存在再處理問題。氧化法以堿性溶液為吸收劑，以氧體為催化劑H2S，氧化成單質硫，濕氧化法是將脫硫劑溶解在水中，液體進入設備，與沼氣混合，沼氣中的硫化氫（H2S）氫氧化鈉、氫氧化鈣、碳酸鈉、等液體與液體反應產生單質硫吸收硫化氫的液體。成熟的氧化脫硫法，脫硫功率可達99.5%以上。在大型脫硫工程中，一般采用濕法粗脫硫，然后干法精脫硫；

3.生物脫硫

生物脫硫技能包括生物過濾、生物吸附和生物滴濾。這三個系統都是開放的，其微生物種群隨環境的變化而變化。在生物脫硫過程中，氧化硫污染物必須通過生物還原產生硫化物或硫化物H2S然后通過生物氧化過程產生單質硫，然后才能去除。在大多數生物反應器中，微生物品種主要是細菌，其次是真菌，酵母很少。常用的細菌是硫桿菌的氧化亞鐵硫桿菌，脫氮硫桿菌和排硫桿菌。較成功的代表是氧化亞鐵硫桿菌，其生長較好pH值為2.0～2.2。