在藥品生產中，為了保證藥品的均勻度和良好的流動性，常將原料用一定的方法制成顆粒（藥丸、膠囊、片劑）。利用微波的熱效應和非熱效應，進行低溫干燥和殺菌處理，微波直接輻射到藥品中，使藥品內部溫度升高，產生壓力，加速水分子的轉移，被處理物品中的水份逐步向外蒸發，此時微波設備中再通以適當的熱風，將蒸發出來的水份帶走。利用微波干燥處理藥品不僅大大提高產品質量，并可縮短干燥時間和節約大量的能源，經濟效益十分明顯。采用微波設備對藥丸、膠囊、片劑進行干燥和滅菌，可以減輕勞動強度，提高質量，并能保證產品的一至性。  

此外，微波可對各種中、西藥品、藥材進行干燥、脫水、消毒、滅菌、殺蟲、防霉處理，方便生產廠家對藥品和原材料的貯存和保管。

藥丸微波干燥殺菌設備成功案例：

吉林鄭泰藥業股份有限公司（水蜜丸的干燥、殺菌）