為了保護噴碼機噴嘴和過濾掉墨水的雜質，廠家在設計的時候都會在機器上設計幾道噴碼機過濾器。
在墨水從回收口進入墨水泵之前，廠家會在管路上加一個過濾器，行業內叫做泵前過濾器。其作用是過濾掉隨著墨水從回收口進入墨水循環系統的雜質。泵前過過濾器的機構是里面是金屬濾網，外面是塑料注塑件包裹，注塑件有兩個口，一個進口，另外一個出口。墨水從進口流入，經過金屬濾網，墨水中顆粒度大于5微米的灰塵等被濾網阻隔，小于10微米的成分會通過金屬濾網從出口流到下一個管路。金屬濾網的網格大小決定了過濾的微粒大小。由于要考慮管內的壓力問題，所以不能夠采用更小的金屬濾網。在過濾器的工藝上主要采用超聲波焊接。工藝的難點在于焊縫的牢固度，因為這會直接影響到過濾器的抗壓能力。一般來說合格的過濾器要耐受500個bar的壓力。所以在過濾器出廠之前要做耐壓測試，噴碼機為此制造了專門的快速測試機器。力保每一個產品都達到要求。泵前過濾器的作用除了起到初次過濾以外，最重要的作用還是保護墨水泵的齒輪免受大直徑顆粒的磨損。
在墨水流向噴嘴之前也要加一個過濾器，行業內叫做噴頭前過濾器。他的體積比主過濾器小多了。只有主過濾器的20分之一大小，它是噴嘴的真正保護神。同樣它內部結構也是金屬濾網，網格大小是3微米左右。能過濾掉3微米以上的顆粒。噴嘴的直徑最小是37微米左右。這樣的設計足以保證噴嘴不至于被雜質堵塞。
還有一個過濾器叫主過濾器。它位于墨水的主循環回路，所以叫做主過濾器。他的過濾精度是10微米。工藝與前者相同。
以上3個過濾器在工作當中會隨著時間的推移，網格會被各種雜質堵塞。一般過濾器的網格數目不一。像主過濾器的網格數在4萬個左右。假設堵塞一半，那么管內壓力會上升一倍，噴碼機墨水泵的工作壓力一般在300bar左右，這就意味著管內壓強會上升到600bar。超過過濾器的承受壓力500bar的上限。過濾器會裂開甚至爆裂四濺。因此我們要做好預防工作。標準是看噴碼機的使用環境決定，使用環境粉塵越大，更換過濾器的頻率越快。
