真空式微波干燥機主要應用于高附加值、且具有熱敏性的農副產品、保健品、食品、藥材、果蔬、化工原料等的脫水干燥；用于化工產品的低溫濃縮、結晶水的脫除、酶制劑的干燥等；中草藥的真空提取；適用于科研院校的實驗室。
微波真空干燥設備在延長食品的保質期、保存食品原有的風味和營養成分、保留原料的生理活性、增強保健食品的功能性、提高農副產品的附加值等方面，微波真空干燥技術優勢明顯，一是可以有效地保持物料的形狀、色澤、營養成分和香氣不變，這些特性，對于保健品的生產尤為重要；而是可以大幅度地節約能源。物料在采用冷凍干燥方法處理時，需要補升華熱。
在真空條件下，水的汽化溫度低，實現了低溫干燥，完好的保持了加工物料原有的色、香、味及營養成分，避免了物料中活性成分的氧化變質，制品復水性好；微波穿透至物料內部，回轉系統驅動物料做回轉運動，使物料受熱更均勻，干燥更迅速，其運行成本遠遠低于冷凍干燥和紅外干燥，節能降耗、衛生環保；充分利用微波的加熱均勻物料內外溫差小，既利用了真空干燥的特點，又解決了真空中熱能傳導困難的問題，大大提高了干燥的工作效率和產品質量。根據國內外資料顯示，采用微波設備對物料加熱，其速度和效能是常規加熱方法的4~20倍。